De therapeut zal vragen aan de gebeurtenis terug te denken, inclusief de bijbehorende beelden, gedachten en gevoelens. Eerst gebeurt dit om meer informatie over de traumatische beleving te verzamelen. Daarna wordt het verwerkingsproces opgestart. De therapeut zal vragen de gebeurtenis opnieuw voor de geest te halen. Maar nu gebeurt dit in combinatie met een afleidende stimulus. Dit houdt in dat je gevraagd wordt om bijvoorbeeld de hand van de therapeut of een lichtbalk te volgen of naar piepjes te luisteren via een koptelefoon. Er kunnen ook andere afleidende stimuli worden gebruikt.
Na elke set wordt er even rust genomen. De therapeut zal de cliënt vragen wat er in gedachten naar boven komt. De EMDR procedure brengt doorgaans een stroom van gedachten en beelden op gang, maar soms ook gevoelens en lichamelijke sensaties. Vaak verandert er wat. Jou wordt na elke set gevraagd je te concentreren op de meest opvallende verandering, waarna er een nieuwe set volgt.